En términos de costos, el almacén privado, con sistema de almacenamiento de manejo automatizado, es un caso limitativo de las otras alternativas mencionadas. Representa un alto nivel de inversión fija en el almacén y equipamiento de manejo automatizado (como bandas transportadoras y grúas controladas por computadora) y un bajo nivel de costos variables, ya que el sistema requiere poca mano de obra, luz, calor y similares. A niveles muy altos de rendimiento del almacén, el almacenamiento privado con manejo automatizado tiene la posibilidad de ser el sistema de almacenamiento de menor costo por unidad de salida.
Mas allá de comparar simplemente un sistema de almacenamiento con otro, para un mayor análisis y control es útil separar los costos totales en los tres componentes básicos del costos de un sistema de almacenamiento: de almacenamiento, de manejo y de personal.
Para el almacén público, estos costos suministran la base para establecer las tarifas y hacer una comparación fácil con la alternativa de almacenamiento público. En el almacén privado, son valiosos para controlar los diversos gastos. La asignación de los diversos costos en los que se incurre durante la operación del almacén requiere una buena cantidad de sentido común. Una vez que se identifican los costos totales de almacenamiento, manejo y personal , puede expresarse en base a quintales, a pies cuadrados o cualquier dimensión útil.